Binswanger begann seine akademische Laufbahn an der ETH Zürich mit dem Studium der Chemie, das er aber nach zwei Semestern abbrach, worauf er Wirtschaft an der Universität St. Gallen zu studieren begann und das Studium mit dem Lizentiat abschloss. Er wurde an der Universität Kassel promoviert und habilitierte sich wiederum an der Universität St. Gallen. 1998 wurde er von der Fachhochschule Nordwestschweiz zum Professor ernannt.

Binswanger war Gastprofessor, Dozent und Vortragender an verschiedenen Hochschulen, so an der Universität Basel, an der Technischen Universität Freiberg in Deutschland, an der Qingdao Technological University und der Lanzhou University in China und an der Banking University in Ho-Chi-Minh-Stadt, Vietnam.

Seine Forschungsschwerpunkte liegen in den Bereichen Makroökonomie, Finanzmarkttheorie, Umweltökonomie sowie in der Erforschung des Zusammenhangs zwischen Glück und Einkommen. Zudem vertritt er, ähnlich wie sein Vater Hans Christoph Binswanger, die These eines Wachstumszwangs in der Geldwirtschaft.^[1][2][3] Seine Modelle des Wirtschaftskreislaufs entfachten eine Kontroverse zum Thema des Wachstumszwangs (→ Stock-Flow Consistent Model).^[4][5] Ausführlich dargestellt ist die These des Wachstumszwangs in dem 2019 erschienenen Buch Der Wachstumszwang – Warum die Volkswirtschaft immer weiterwachsen muss, selbst wenn wir genug haben.

Mathias Binswanger publiziert sowohl in Fachzeitschriften als auch in der Presse. Für die Zeitschrift Schweizer Monat schrieb er ab 2011 alle zwei Monate eine Kolumne in der Rubrik Marktplatz, und für die Zeitschrift Bilanz verfasste er bis 2015 eine Kolumne zu ökonomischen Trends. Seit 2019 schreibt er regelmässige Beiträge für den Blog Never mind the markets,^[6] der u. a. im Tagesanzeiger, Berner Zeitung und Basler Zeitung erscheint. Er ist Autor des 2006 erschienenen Buches Die Tretmühlen des Glücks, das in der Schweiz zum Bestseller wurde. Im September 2010 erschien Sinnlose Wettbewerbe, im März 2015 das Buch Geld aus dem Nichts und 2019 Der Wachstumszwang. Gemäss dem Ökonomen-Einfluss-Ranking der Neuen Zürcher Zeitung gehört Mathias Binswanger seit Jahren zu den einflussreichsten Ökonomen der Schweiz und wurde 2019 am öftesten von Politikern als Inspirationsquelle genannt.^[7]

Mathias Binswanger ist der Sohn des Ökonomen Hans Christoph Binswanger. Der bekannte Psychiater und Begründer der Daseinsanalyse Ludwig Binswanger ist sein Grossonkel.